Спектр лабораторных исследований
Бактериологические исследования
применяются для выявления Enterobacteriaceae, Campylobacter spp, Vibrio spp (Vibrio parahaemolyticus, Vibrio vulnificus и др. нехолерные вибрионы) и др. бактериальных патогенов
Молекулярно-генетические исследования(исследования проводятся с применением наборов реагентов):
- «АмплиСенс® ОКИ скрин-FL» № ФСР 2008/02265
- «АмплиСенс® Эшерихиозы-FL» № ФСР 2010/07977
- «АмплиСенс® Yersinia enterocolitica/pseudotuberculosis-FL» № ФСР 2010/07830
- «АмплиСенс® Salmonella typhi -FL» № ФСР 2010/07826
- «АмплиСенс® Vibrio cholerae-FL» № ФСР 2011/11139)
- Rotavirus grA
- Norovirus GII
- Adenovirus grF (40, 41 type)
- Astrovirus (Астровирусы человека - HastV)
- Salmonella spp
- комплекс Shigella spp + Энтероинвазивные E. coli (EIEC)
- термофильные кампилобактерии (С. Jejuni, C. coli, C. lari)
- Y. enterocolitica
- Y. pseudotuberculosis
- Salmonella typhi
- Vibrio cholerae
- Энтерогеморрагические E. coli (ЕНЕС)
- Энтеропатогенные Е. coli (EPEC)
- Энтеротоксигенные Е. coli (EТEC)
- Энтероаггрегативные Е. coli (EAgEC)
В рамках проведения научно-исследовательских работ используются методики выявления следующих патогенов:
- Rotavirus grС
- Norovirus GI
- Sapovirus
- Parechovirus
- атипичные Astrovirus (Астровирусы млекопитающих, не относимые к HAstV - non - HastV (HMO, MLB, VA)
- Cronobacter sakazakii (Enterobacter sakazakii)
- Vibrio parahaemolyticus
(данный спектр постоянно пополняется методами детекции новых групп патогенов)
Методы характеристики возбудителей ОКИ
Методы субвидового типирования вирусных возбудителей ОКИ:
- прямое секвенирование вариабельных участков генома (Rotavirus, Norovirus, Sapovirus, Astrovirus, Adenovirus и др вирусных агентов) (данные участки являются альтернативными по отношению к участкам детектируемым диагностическими наборами реагентов)
- антигенное типирование ротавирусов гр А ([P]G генотипирование) с применением Real-Time PCR (G 1,2,3,4,9,12 типы, Р [4],[6],[8] типы). Методы характеристики бактериальных возбудителей ОКИ:
- методы рутинной идентификации и субвидового типирования (биохимическое типирование, антибиотикорезистентность, фаготипирование, серотипирование, прямое секвенирование рибосомальных генов)
- генетическое "серотипирование" энтерогеморрагических E. coli (ЕНЕС) Установление принадлежности к серогруппам: О157, О111, О26, О145, О55, О113, О103, О91, О104, О121 с применением группоспецифичной Real-Time PCR. Установление серотиповой принадлежности методом прямого секвенирования генов жгутикового антигена.
- Субвидовое типирование бактериальных патогенов (Enterobacteriaceae, Vibrio spp) с применением метода анализа набора продуктов рестрикции >- тотальной ДНК в пульсирующем электрическом поле - пульс-электрофорез (PFGE - Pulsed Field Gel Electrophoresis) с использованием стандартизованных протоколов PulseNet International Network
- Субвидовое типирование бактериальных патогенов (Salmonella spp., Shigella spp.) с применением метода анализа амплификации и анализа участков ДНК содержащих минисаттелитные повторы (VNTR-повторы) - (MLVA).