Федеральная служба по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека
ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора 111123 Москва ул. Новогиреевская д.3А

ГИС-PFGE



Данный ресурс предназначен для использования врачами эпидемиологами, работающими в различных учреждениях государственного эпидемиологического надзора при проведении ими интерпретации данных исследования бактериальных изолятов возбудителей ОКИ с применением унифицированных протоколов пульс-гель электрофореза (PFGE).

Основные задачи решаемые в рамках онлайн-сервиса

  • Получение информации о территориальном распределении случаев выделения изолятов Salmonella spp. со сходными PFGE профилями в Российской Федерации для возможного выявления общих для данных территорий источников/факторов передачи.
  • Получение информации о временной динамике выделения изолятов со сходными PFGE профилями для возможного выявления периодов регистрации разрозненных случаев заболеваний с общими для них источниками/факторами передачи (т.н. «диффузных вспышек»)...
  • Получении информации о распространенности (степени уникальности) изолятов с определенным PFGE профилем на территории Российской Федерации для оценки достоверности суждения о наличии эпидемической связи между различными источниками его выделения.

Общая схема исследования изолятов и генерации данных

doc

  1. Учреждение зарегистриревшее очаг групповой заболеваемости изолирует чистую культуру и высылает в Референс-центр по мониторингу за сальмонеллезами или Российский Референс-центр по мониторингу возбудителей кишечных инфекций (РЦКИ).
  2. В лаборатории РЦКИ проводят подтверждение изолированного бактериального агента, а также субвидовое генотипирование методом RFLP-PFGE с присвоением идентификаторов PFGE-паттернов по XbaI и BlnI ферментам рестрикции. В результе исследований и субвидового генотипирования в учереждение высылается письмо с присвоенными идентификаторами генотипов.
  3. Вновь полученные данные по изолятам добавляются к существующей базе данных PFGE-паттернов референс-центра РЦКИ и отражаются с помощью онлайн-сервиса ГИС-PFGE.

Иструкция для пользователя

Внимание! Сервис поддерживается через веб-браузеры Firefox, Google Chrome, Opera.

  1. Перейдите на страницу.
  2. После перехода на страницу дождитесь окончание загрузки карты.
  3. Сначала выберите интересующий серовар.
  4. Затем интересующую комбинацию XbaI-BlnI PFGE-паттернов и диапазон времени выделения.
  5. После выбора система автоматически отразит географические точки выделения изолятов. При наведении и клике мышью на определенной точке отобразиться окно с количеством выделенных изолятов.

В настоящее время данная система функционирует в тестовом режиме. Вопросы и предложения, возникающие в ходе работы с ней просим направлять по адресу konstantinkul[at]gmail.com